Elhuyar nació en 1972 por iniciativa de un grupo de ingenieros de San Sebastián, con el objetivo de aunar el euskera y la ciencia. Aquel primer grupo amateur pretendía hacer llegar a la sociedad contenidos científicos en euskera. Para ello, centraron sus primeros esfuerzos en realizar traducciones técnicas y en publicar la revista Elhuyar. Aquel esfuerzo voluntario inicial fue profesionalizándose poco a poco, y en 1981 nació la asociación cultural Elhuyar, con el fin de responder a la nueva situación. En 2002, la asociación cultural Elhuyar se convirtió en fundación.
En 2003 Iparragirre ejecutó las obras de renovación completa de un edificio del polígono industrial Osinalde en Usurbil para la nueva sede de Elhuyar.
